涉及蛋白質分子模擬領域內最新的綜述和通用方法，學術思想新穎，內容包括蛋白質結構預測方法、蛋白質動力學、蛋白質折疊機理及生物大分子相互作用等方面的理論和應用，涵蓋了各種不同的采樣技術、粗粒化模型、分子對接方法的原理與方法，以及在分子設計與藥物設計等生物物理學與生物醫學方面的應用等十分廣闊的范圍。《蛋白質模擬的多尺度方法》各章的作者都是目前該領域的知名專家學者。

《新生物學叢書》叢書序譯者序前言第1章 格子聚合物和蛋白質模型1.1鏈分子的簡化模型1.2簡單的格子聚合物1.3具有類蛋白質性質的簡單格子聚合物1.4最小類蛋白質模型1.5高協調格子蛋白模型1.6應用格子模型的蛋白質折疊和結構預測參考文獻第2章 蛋白質和多肽的多尺度對接2.1引言2.2剛性對接程序2.3柔性對接2.4CABS多尺度柔性對接2.4.1柔性處理2.4.2多肽對接到受體蛋白的示例2.4.3蛋白質?蛋白質對接2.5展望參考文獻第3章 蛋白質粗粒化模型：理論與應用3.1引言3.2蛋白質粗粒化模型的發展史3.3構象空間表示方式的選擇3.4相互作用設計形式3.5粗粒化力場的獲得3.5.1基本公式3.5.2統計勢（玻耳茲曼原理）3.5.3PMF的因子展開3.5.4力匹配方法3.5.5有效能量函數的優化3.5.6「基於知識」和「基於物理」的勢能3.6粗粒化模型在蛋白質結構預測中的應用3.7粗粒化模型在研究蛋白質動力學和熱力學中的應用3.8結論與展望參考文獻第4章 基於原子模型和粗粒化模型的結構預測與優化中的構象采樣4.1引言4.2迭代結構優化框架4.2.1采樣效率的定量度量4.3不同分辨率的蛋白質模型4.3.1蛋白質的全原子模型4.3.2蛋白質的粗粒化模型4.4采樣不同蛋白質模型進行迭代優化4.4.1采樣方法4.4.2向天然態的精細優化4.5結論與展望參考文獻第5章 蛋白質的有效全原子勢5.1引言5.2有效勢5.3應用5.3.1折疊熱力學5.3.2機械去折疊5.3.3聚集性5.4結論參考文獻第6章 蛋白質粗粒化模擬中的統計接觸勢：從兩體到多體勢6.1引言6.2基於知識的勢函數的發展歷史6.2.1逆玻耳茲曼關系6.2.2准化學近似6.3距離無關的勢函數6.3.1采樣權重6.4距離相關的勢函數6.5幾何勢函數6.6多體勢6.6.1四體接觸勢6.6.2四體接觸勢的能量方程6.7優化方法6.8蛋白質統計接觸勢與理想的氨基酸相互作用模式的比較分析6.9蛋白質粗粒化模型的統計力場6.10基於知識勢函數的應用6.11未來發展趨勢參考文獻第7章 蛋白質集合運動的全原子描述和粗粒化描述之間的關聯7.1引言7.2蛋白質在不同時間尺度的內在動力學： 研究方法7.2.1低能的集體激發7.2.2結構子態7.2.3子態之間及子態內部的漲落7.2.4不同子態的結構漲落之間的比較7.2.5蛋白質動力學的粗粒化描述及模擬7.3不同時間尺度上的蛋白質內在動力學： 以腺苷酸激酶為例7.3.1在一個近乎平坦的自由能曲面下的構象漲落： 以TAT為例7.4結論參考文獻第8章 基於結構的生物分子模型： 蛋白質拉伸、結節動力學、流體動力學效應及病毒衣殼刻痕8.1引言8.2基於結構的蛋白質模型8.3基於結構的DNA和樹狀分子模型8.4基於結構的蛋白模型應用舉例8.4.117134個蛋白質的機械強度8.4.2結的動力學8.4.3膜蛋白8.4.4流體動力學相互作用8.4.5病毒衣殼的納米壓痕參考文獻第9章 蛋白質能量地貌采樣——有效算法探索9.1引言9.2基本的模擬技術9.2.1分子動力學模擬9.2.2蒙特卡洛模擬9.2.3優化技術9.3先進的模擬技術9.3.1去折疊模擬9.3.2先進的更新方法9.3.3廣義系綜技術9.4最近的應用9.5結論參考文獻第10章 蛋白質結構預測： 從已知結構識別匹配到片段重組10.1引言10.2蛋白質結構預測方法：分類與關鍵評價10.3基於模板的蛋白質結構預測的「元」方法10.4從多模板模型到雜合模型10.5片段組裝： 從頭蛋白質結構預測方法的新趨勢10.5.1基於片段組裝的從頭預測（及隨后的結構優化）10.5.2包含片段組裝和折疊模擬的混合方法10.5.3其他基於模板預測的蛋白質結構預測方法10.6為什麼片段組裝方法能如此成功10.7結論與展望參考文獻第11章 基因組水平的蛋白質結構預測11.1引言11.2基因組水平蛋白質結構預測領域的最前沿研究11.3TASSER方法11.4I?TASSER方法11.5用TASSER／I?TASSER進行大規模結構預測測試11.6大腸桿菌基因組中中等大小ORF的結構預測11.7人類基因組中的全部907個推定GPCR的結構預測11.8I?TASSER方法應用於沙眼衣原體基因組11.9結論參考文獻第12章 蛋白質折疊動力學研究的多尺度方法12.1引言12.2將實驗與理論模擬相結合的結構動力學研究12.3基於高精度簡化模型的蛋白質動力學研究12.3.1采用高精度從頭模型的蛋白質折疊研究范例體系12.4結論參考文獻第13章 基於模板的蛋白質結構模型的誤差估計13.1引言13.2質量評價方法的概述13.2.1基於物理學的打分13.2.2基於知識的勢13.2.3評價比對質量13.3SPAD分值13.3.1SPAD分值的定義13.3.2SPAD與模型RMSD的相關性13.3.3與模型局部質量的相關性13.4結構模型的真實值質量評價13.4.1Tondel方法13.4.2ProQ13.4.3TVSMod13.4.4SubAqua方法13.5結論參考文獻第14章 蛋白質結構預測評價方法： 問題與對策14.1引言14.2模型質量的數值計算14.3成功策略的鑒定14.4認識蛋白質結構預測的進展14.5模型質量的先驗評價14.6蛋白質模型在生物醫學研究中的應用14.7結論與展望參考文獻術語表彩圖